ニホンオオカミ（Canis lupus hodophilax)

しかし、2003年に「1910年（明治43年）8月に福井城址で捕獲されたイヌ科動物がニホンオオカミであった」との論文が発表された。だが、福井の件は標本が現存していない（空襲により焼失）ので、最後の例と認定するには不確実であるため、定説を書き換えるまでには至っていない。

学術的には、過去50年間生存の確認がなされない場合、その種は絶滅したとされるので、ニホンオオカミは絶滅種である。

同じく絶滅種である北海道に生育していたエゾオオカミとは別亜種であるとして区別される。

ニホンオオカミを記載し、飼育し、解剖学的にも分析したシーボルトによると、ニホンオオカミはハイイロオオカミと別種であるという見解である（ニホンオオカミの分類に関する議論については。

このように大陸産のハイイロオオカミの亜種ではなく、Canis hodophilaxとして独立種であるとすることもある。この場合でも、エゾオオカミはハイイロオオカミの亜種とされる。